Kinder kommen mit einer natürlichen Neugier und dem Bedürfnis, naturwissenschaftlichen Zusammenhängen zu erforschen, auf die Welt. Im Sinne der frühen Förderung des naturwissenschaftlichen Interesses bietet das Goerdeler-Gymnasium ab Klasse 5 die Profilklasse „Naturwissenschaften“ an. Hier wird an den Forscherdrang der Schüler angeknüpft und auf phänomenologischer Ebene ein erster Zugang zum naturwissenschaftlichen Arbeiten geschaffen. Der bei den Kindern intuitiv vorhandene Umgang mit wissenschaftlichen Fragestellungen, Problemen und Lösungswegen kann durch ihre Freude am Experimentieren dazu genutzt werden, den naturwissenschaftlichen Erkenntnisweg nahezu unbewusst zu verinnerlichen. Der natürliche Forscherdrang der Kinder legt so den Grundstein zum tieferen Verständnis im Umgang mit allen Naturwissenschaften.

„Warum heißt Rotkohl bei uns Rotkohl und in anderen Gebieten Blaukraut? Warum platzt eine Wasserflasche aus Glas im Gefrierschrank? Warum sprudelt eine Brausetablette?“ Diese und viele weiteren Forschungsfragen aus dem alltäglichen Leben der Kinder werden ab dem fünften Schuljahr im Leitfach Chemie im 14-tägigen Rhythmus  in einer Doppelstunde erforscht. Die bewusst im Vergleich zur Klassenstärke klein gehaltenen Lerngruppen ermöglichen einen sehr hohen experimentellen und praktischen Anteil, bei dem alle aufgefordert sind, selbstständig Dinge zu hinterfragen und den Unterricht durch eigene Neugier an alltäglichen Phänomenen zu bereichern.

In der Jahrgangsstufe 6 wird das Fach Biologie als Leitfach unterrichtet. Hier geht es um alles, was lebt. Zu Beginn steht das Lebewesen im Mittelpunkt, das den jungen Forschern am besten vertraut ist: der Mensch. In kleinen Experimenten untersuchen sie ihre eigenen Sinne. Im Anschluss beschäftigen sie sich mit Tieren, z.B. damit, den Lebensraum von verschiedenen Fischen zu erkunden und diesen in einem Aquarium zu gestalten, sie zu pflegen und ihr Verhalten zu untersuchen. Danach geht es in die Natur: Exkursionen zu schulnahen Biotopen laden dazu ein, das Leben vor der Haustür zu entdecken und Freilanduntersuchungen durchzuführen.